residue

Implementation level

Type	Status
CML extraction template
HTML5 representation

Template attributes

Attribute	Value
source	Amber topology residue name section
id	residue
name	Amber topology residue name section
pattern	\s*%FLAG\sRESIDUE_LABEL.*
endPattern	.*[0-9A-Z]\s*$%.*
endPattern2	~
endOffset	1
xml:base	sections/residue.xml

Input

%FLAG RESIDUE_LABEL
%FORMAT(20a4)
ZN1 MZ1 WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT
WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT
WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT
WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT
WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT
WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT
WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT
WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT
WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT
WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT
%FLAG RESIDUE_POINTER

Output text

<comment class="example.output" id="residue">
         <module cmlx:templateRef="residue">
            <array dataType="xsd:string" delimiter="|" dictRef="am:residue" size="2517">ZN1|MZ1|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT</array>
         </module>
    </comment>

Template definition

<record repeat="2" />
<record repeat="*">{1_20A,am:residue}</record>
<transform process="joinArrays" xpath=".//cml:array" />
<transform process="pullup" xpath=".//cml:array" />
<transform process="delete" xpath=".//cml:list" />