ioChem-BD

Appearance

residue ​

Implementation level ​

TypeStatus
CML extraction template
HTML5 representation

Template attributes ​

AttributeValue
sourceAmber topology residue name section
idresidue
nameAmber topology residue name section
pattern\s*%FLAG\sRESIDUE_LABEL.*
endPattern.*[0-9A-Z]\s*$%.*
endPattern2~
endOffset1
xml:basesections/residue.xml

Input ​

%FLAG RESIDUE_LABEL                                                             
%FORMAT(20a4)                                                                   
ZN1 MZ1 WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT 
WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT 
WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT 
WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT 
WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT 
WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT 
WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT 
WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT 
WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT 
WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT 
%FLAG RESIDUE_POINTER

Output text ​

xml
<comment class="example.output" id="residue">   
         <module cmlx:templateRef="residue">
            <array dataType="xsd:string" delimiter="|" dictRef="am:residue" size="2517">ZN1|MZ1|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT|WAT</array>
         </module>    
    </comment>

Template definition ​

xml
<record repeat="2" />
<record repeat="*">&#123;1_20A,am:residue&#125;</record>
<transform process="joinArrays" xpath=".//cml:array" />
<transform process="pullup" xpath=".//cml:array" />
<transform process="delete" xpath=".//cml:list" />